He hablado con un igeniero agricola, y por los sintomas que comentas se trata seguramente de Fusicoccum amygdali, me ha comentado que este año es especialmente abundante a causa de las lluvias.
Como tratamiento me ha comentado que lo mejor es un fungicida, el Cortalomil, si no hace efecto en un mes, usar el Mancoceb. Pero me ha comentado que lo mejor es prevenir, y para eso hay que hacer una cosa similar a lo que dice Vaqueret, es rociar con cobre durante el invierno, cuando está el arbol en reposo, pero toda la superfície del arbol, así no le dejamos niguna via de entrada al hongo.
Tambíen me ha comentado que es posible que algunos arboles se mueran, sobre todo si se trata de la variedad Marcona que es especialmente sensible.
Saludos, espero que te haya servido de ayuda.