Vamos que para verlo claro lo mejor va a ser hacer pruebas:
He cogido la serie de los últimos 14 años de Alicante, mes a mes. He quitado uno a uno los 14x12 meses de la serie y he calculado la desviación de cada una de las 168 series incompletas respecto a la media de la serie original (siempre tenemos un mes missing).
RESULTADO DE LA DESVIACIÓN: +1,1240º
Ahora he sustituido, para cada una de las 168 series incompletas, el missing por la media de los 14 años del mes que nos falta
RESULTADO DE LA DESVIACIÓN: 0º
Esta sería la cutre-demostración que utilizar el valor medio de la serie de x años del mes que te falta para completar el missing, se obtiene una serie que estadísticamente consistente.Eso es lo que haría yo, poner en el febrero que te falta la media de todos los febreros. No daña la consistencia de la serie.
NOTA IMPORTANTE: esto lo hago contestándote a la duda ESTADÍSTICAMENTE climatológica porque soy estadístico y no meteorólogo