UKERDI, ¿de la UPNA existen series largas para poder comparar con las estaciones oficiales? Yo creo que no.
Hay un detalle orográfico importante que diferencia a las dos ciudades. Vitoria tiene una ancha sierra al sur que digamos hace de barrera respecto del Valle del Ebro; Pamplona al sur sólo está separada del Valle del Ebro por la pequeña Sierra del Perdón de muy escasa altitud y anchura. En invierno y en verano creo que esto se nota bastante. En invierno el aire frío creo que se puede quedar estancado más fácilmente en la Llanada Alavesa que en la Cuenca de Pamplona, de hecho en otras poblaciones cercanas como Salvatierra-Agurain dan unas mínimas bajísimas que no tienen parangón con ninguna temperatura mínima registrada en la Cuenca de Pamplona.
El forero ismaelico introduce en la web polosdelfrio.net los datos de Pamplona UPNA y Vitoria-Lakua. Solo mete el periodo desde el 1 de septiembre hasta el 31 de marzo (7 meses). En los ultimos 3 años esto es lo que nos sale comparando ambas estaciones (624 datos comunes);
Pamplona UPNA 433 m 9,2ºC (14,2/4,2)
Vitoria-Lakua 546 m 10,2ºC (14,2/6,2)
Seguro que si metieramos los meses veraniegos Vitoria tendría la media de máximas mas baja pero dudo que llegase a bajar la media de la UPNA pese a sus 113 m mas de altura.
Lo de las sierras al sur que mencionas para la retención del aire frío no me convence y de hecho creo que la cuenca de Pamplona es mas cerrada en conjunto que la llanada y por tanto mas efectiva tanto para caldearse en verano como para retener el frío en invierno (por ejemplo, las nieblas duraderas invernales son mas frecuentes en Pamplona).
En cuanto a las inversiones térmicas eso es otra historia, dependen mucho mas de factores locales y microclimas.
Un saludo