Las especulaciones están abiertas,
pudo ser por turbulencias,
pudo ser por granizo sobre la cabina (con la consiguiente despresurización, y quizás inoperatividad del equipo de vuelo), o que alcanzara a algún sensor,
pudieron ser rayos (no todo el avión es de metal, hay remaches de "pasta", recubiertos por metal para aislar, pero esos recubrimientos podrían dañarse por granizo),
....
en este análisis de Tim Vasquez se detalla también el ambiente meteorológico, así como opiniones de pilotos, diseñadores o tripulantes:
http://www.weathergraphics.com/tim/af447/