Para la germinación de bellotas (o semillas de árboles en general) son preferibles macetas o contenedores profundos y estrechos, pues tienen la raíz enormemente larga. En esas macetas tuyas estará espiralizada en el fondo, dando vueltas sobre sí misma, de modo que, si alguna vez, pasas esos árboles a tierra, no tendrán un buen sistema radical.
Por eso suelen emplearse las bandejas forestales autorrepicantes, es decir, que al ser huecas en la parte inferior, la raíz no se deforma.
En todo caso, cuando los plantes, corta con unas tijeras de podar esa raíz espiralizada, dejando solo la parte recta, en principio el árbol no sufrirá y le harás un favor. Otra cosa es que sean para estar en macetas...