Herman, aún uniendo Puigcerdà a BourgMadame, Llívia y etc, no llegan ni a los 5000 snif! Sí, encaminas bien el tema, creo que la población española de una cierta importancia más alta es Puigcerdà... pero no es una ciudad. Y la parte alta d´Engordany me consta que supera los 1200 metros. Si decimos: ¿CUÁL ES LA CIUDAD DE LA PENÍNSULA MÁS ALTA? Entonces sin dudarlo es la Conurbación de Andorra la Vella ;-)
Luego en el Pirineo, sin dudas Jaca y la Seu d´Urgell, como capitales comerciales de extensas comarcas (futura vegueria en Catalunya), tienen altitudes considerables de unos 700 a 800 metros y creo que ambas tienen el título de ciudad.