Creo que cualquier solución es mejor que "cortar" la montaña. Desde el punto de vista ecológico supone una barrera para el desplazamiento de la fauna, una alteración del paisaje, erosión en los desmontes y taludes, etc.

Si la orografía lo permite sería deseable rodear el macizo montañoso. En el caso de no ser posible, creo que la opción menos impactante sería el tunel, ya que en principio no modificaría la naturaleza de la superficie.