A mi no me parece que estén mal las fotos, aunque tu que sabes como realmente eran los colores en esos momentos sabes si te ha sobreexpuesto o no.
Es posible que en modo automático te haya sobreexpuesto las nubes porque te pilla las diferentes luces reflejadas de los objetos en el modo matricial, este modo divide la escena en mogollón de cuadritos y en cada uno de ellos calcula la exposición adecuada, y luego hace la media. Si en la escena aparecen muchas zonas oscuras la cámara tenderá a sobreexponer la foto para que estas zonas oscuras salgan con un color aceptable por tanto las zonas claras del encuadre te saldrán un poco sobreexpuestas.
Mi consejo es que te leas el manual y que empieces a tirar fotos en modo manual cuanto antes (regulando tú tanto velocidad como abertura y exposición, y también otros muchos detalles,,,,,,,,)
Tira fotos en manual, al principio igual te frustras un poco pero poco a poco cuando vayas cogiendo el tranquillo y conociendo tu cámara es la única forma segura de sacar lo que quieres como quieres.
Un saludo.
PD: Cuando tengas mucho contraste entre diferentes zonas de una imagen nunca te va a salir como realmnente quieres, tendrás que sacrificar y si en este caso quieres que el blanco de la nube te salga bien, tendrás que exponer la foto con lo que te pida el blanco de la nube para que este te quede tal como lo ves,,,,,,,,,,,,,,,bueno y para corregir todas estas cosas se inventó el fotoshop que es otro mundo el cual desconozco absolutamente ya que no me gusta retocar, me gusta currarme las fotos, pero eso es cuestión de gustos....
PD2: Siempre que puedas saca fotos a primeras y últimas horas que es cuando la luz por su inclinación no es fuerte y no crea grandes contrastes con lo que las escenas van a quedar muy equilibradas y con gran profundidad de campo.