Como bien habéis apuntado ya son varias las causas de estos gradientes tan grandes, muy habituales en verano.
Creo que, además de la diferencia de altitud, el más importante es la insolación. Por la estrechez del valle, cuando el Sol sale aquí, en Jaca lleva varias horas y lo mismo en el ocaso. A las 17 h. todavía hay sol y la diferencia con Jaca es menor que a las 20 h, cuando en Jaca lo hay y en Canfranc hace una hora que no.
Otro factor importante es la cercanía a la vertiente norte atlántica que hace que se moderen mucho las extremas.
Luego están los vientos locales de valle, el bosque, etc.