La Neápolis consistía en un recinto amurallado formando un rectángulo muy irregular de 200 m. por 130 m., situándose el puerto al norte.
La muralla había sido construida con piedras sin argamasa mucho después de la fundación de la ciudad. El muro del oeste separaba Neápolis de la ciudad ibérica de Indika.
Existen varios restos de la muralla que rodeaba a la antigua Neápolis. La muralla más antigua de la que encontramos restos pertenece al siglo V a.C., de la cual encontramos una pequeña parte del muro en la zona más cercana a la ciudad romana. Otro segundo momento de las murallas de Emporion sería el perteneciente al siglo IV a.C., en donde se avanza en el espacio interior y se produce una construcción de este, aprovechando los restos de la anterior muralla, que se encuentra a unos 25 metros de la última muralla, perteneciente ya a la época helenística, donde las investigaciones han demostrado la existencia de un foso, que posteriormente se llenaría para acondicionar el posterior complejo de templos dedicados a principalmente a Asclepio. Del siglo III a.C. encontramos un muro avanzado, o Proteichisma, que evitaría que la maquinaria de guerra se acercara más de lo conveniente a la muralla. Ya, finalmente, del siglo II a.C. encontramos las últimas murallas, para las cuales habrían usado piedras de las anteriores, que darían el aspecto vetusto con el que actualmente se conservan, apartándose de las formas regulares propias de la época.
En el extremo suroeste había varios templos que debieron sustituir a uno originario de Artemisa, entre ellos uno dedicado al Asclepio, del cual se conserva el basamento y la estatua de mármol del dios.