No creo que Phobos y Deimos tengas suficiente masa como para generar unas mareas apreciables. Son muy pequeños... Desconzco la altura a la que orbitan sobre Marte, pero no creo que alcancen un gran tamaño en el cielo. Esto tendría que consultarlo.
El color del cielo y del mar, pues depende...piensa que hay gran cantidad de polvo en suspensión que va a dar una dominacia rosada al cielo, como la que tiene ahora...
Volviendo al tema de los satélites, creo haber leido que uno de los dos (el mas pequeño) es casi un asteroide capturado y que tiene una orbita algo inestable. Se dice que en un futuro podría estrellarse contra la supercicie. Quizas si en la novela se realizan actividades mineras un accidente podria hacer mas inminente esa caida...sería un puntillo para meter a la trama.
La terraformación no afectaría a la gravedad de ninguna manera. Se trata basicamente de elevar la presión y temperatura, y luego ir llevando algas y liquenes resistentes para que vayan generando oxígeno. CO2 no les va a faltar.
De todos modos, para escribir una buena novela de CI FI, tienes que documentarte mucho mucho, recabar numerosos detalles de como sería (que no sean disparates, sino al menos, algo factible) para dar un transfondo sólido a la historia.
Cómo calientan marte, por ejemplo...No sé, yo usaría un sistema de espejos reflectantes orbitales, muchos y enormes, para aumentar la irradiación...
Quizas estrellando deliberadamente cometas contra la superficie marciana, incrementaríamos el contenido de agua en el planeta, (Eso imagino que en fases inciales, ten el cuenta que la terraformación puede durar siglos) y de gases.
Carl Sagan proponía oscurecer los polos con algún tipo de sustancia, como carbonilla, para bajar el albedo y recalentear el planeta.
Marte carece de citurón de Van Allen, quizas habría que proteger edificaciones y electrónica contra los efectos de los vientos solares. Se podrian apantallar, o quizas, si estamos muy avanzados, crear una seríe de satélites que entre todos generen un campo eléctromagnético capaz de parar el grueso de las partículas solares. (Mas que nada, por el peligro que supone para la electrónica que se llevaría al planeta. Imagino que es caro apantallar equipo de forma masiva)
También habría que llevar nitrógeno a la atmósfera, o mas bién intentar extraerlo de los nitratos del planeta. El nitrógeno es necesario para el metabolismo de las plantas. De todos modos, como se absrobe normalmente por la raíz, podrían extraerlo del suelo siempre que esté en una forma que ellas puedan asimilar. Si no, sería lo que te digo de soltarlo a la atmosfera y emplear bacterias nitrificantes simbioticas con las raices de las plantas para ayudarlas...
No se, todos esos detalles y más, explicar como se harían.. Problemas relacionados, por ejemplo, la siembra de vegetales podría no fucionar al principio, o por alguna mutación, crearse especies de masas algales demasiado invasivas que luego darían problemas en los cultivos hidropónicos...no sé, mil historias...pero lo importante es darle mucho detalle..Al menos a mi la CI FI me gusta con mucho detalle, y que sea creible.
De todos modos, existen novelas como esa, por ejemplo la que cita Markel, aún no la he leido, pero le tengo ganas. Quizas puedas usarla como referente, y darle otro enfoque.
Un saludo.