No conocía el término hipernova pero supongo que te refieres a chorros de rayos gamma. Algunas estrellas al palmarla, envían dos chorros de rayos gamma por los polos. Si los polos de esa estrella apuntan al Sistema Solar y si está lo suficientemente cerca, entonces si que la Tierra se quedaría sin atmósfera. La buena noticia es que debería estar en un radio muy cercano de 500 o 1000 millones de años (no recuerdo el radio exacto) para hacer mucha pupa. La zona está bastante vigilada y hay un par de estrellas peligrosas en un radio de 5000 a 9000 millones de años, que no serían tan destructivas. Algún efecto podrían tener pero no sería de Jaque Mate.