Pero a ver, ¿¿tan solo afectara al contenido del ftp??
Por que eso tiene tan facil solucion como descargarse las series de todas las estaciones. Los nuevos datos que vayan saliendo dia a dia se van incluyendo en las series descargadas y listo.
El problema seria que quitaran el acceso a los datos en tiempo real de las EMAs secundarias de la web. 
Es un grave problema, no por los datos anteriores, sino por los datos futuros.
En primer lugar perderemos todos los datos OFICIALES diarios de los observatorios de la red principal (con todas sus variables). Por ejemplo, algunas EMAs de observatorios de la red principal marcan datos defectuosos de temperatura y de precipitación y esos datos de las EMAs no son oficieles. Además, por ejemplo un día que la temperatura mínima baje en la noche siguiente antes de las 00 UTC tampoco sabremos el dato oficial definitivo (ni aun marcando bien la EMA), ya que en la web de AEMET van en horario civil los datos.
Y sobre todo porque perderemos otras muchas variables de viento, insolación, presión, etc etc
Muchos datos serán imposibles de obtener ni dedicándote en cuerpo y al ma todo el día exclusivamente a guardar datos de las EMAs o los SYNOP.
Y además, los datos de la serie climatológico son oficiales y revisados y en los SYNOP puede haber errores ni sabemos la mínima exacta sobre todo en invierno que la mínima se suele dar después de la hora del SYNOP (6 UTC) especialmente en los casos en que la EMA no es fiable.
Y en cuanto a las EMAs de la red secundaria, a ver quien es el guapo que se pone a recopilar todos los días los datos de todas las estaciones de la red de EMAs de AEMET a través de la web.
Es un DESASTRE y una gran faena lo que nos van a hacer se mire como se mire.
PD. Se me olvidaba, que además no sólo quitan datos climatológicos o de las EMAs, el servidor tiene más cosas...
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