En el tema de noches tropicales sí serán ambas ciudades muy similares, es muy difícil que den mínimas tropicales, para eso la advección de sur debe ser potentilla.
Eso sí, la ubicación de la estación de Vitoria está en el mejor sitio posible para la inversión mientras que Pamplona GN está en todo el centro de la ciudad prácticamente, así pues las diferencias en mínimas de una y otra serán bastante importantes en media de mínimas anuales por ejemplo.
Un saludo.