No sé si se abrirían páginas en internet para pedir la recuperación de una especie mayoritariamente 'impopular' entre la gente (seguramente no), pero lo que sí tengo seguro es que la pérdida de cualquier especie, por repugnante, perjudicial o insignificante que sea, además de irreparable, es algo muy grave que no debemos permitir en ningún caso. Cualquier extinción debe evitarse al máximo porque se trata de la pérdida de un código genético único, y el daño es todavía más flagrante (éticamente) cuando ha sido provocado por el hombre.
En fin, a lo que preguntas, me quedo con la primera suposición: cuando defiendo una especie lo hago por convencimiento de que cualquier especie, cualquier forma de vida, es importante. No debería hacerse en función de si nos beneficia o nos perjudica, a veces esto no es trascendental.
Seguramente a nosotros en nada nos beneficia que perdure el gorila de las montañas o una orquídea tropical muy rara, porque las poblaciones son extremadamente reducidas y su influencia en su entorno y en nosotros es prácticamente nula. Pero no debemos dejar que se pierdan por lo que son: especies únicas que se originaron una vez y que si se eliminan nunca más volverán a existir por sí mismas, por ello hay que conservarlas a toda costa o al menos evitar su desaparición en la medida que se pueda, sobre todo si está siendo propiciada por el hombre.
Del lado de conservar por beneficio sería mucho más importante hacerlo por bichejos en los que nadie repara (y por los que seguramente no se harían manifestaciones) que por grandes mamíferos, porque sin los primeros la vida en la Tierra se podría ir al traste, como es el caso de los insectos (en particular los polinizadores), que en general no causan mucha simpatía pero que por su importancia, su extensión y su participación en un ingente abanico de procesos naturales del planeta, más nos valdría cuidar. Las ballenas son muy importantes para los ecosistemas oceánicos, pero... ¿cuántas ballenas hay? Los mamíferos somos seres evolutivamente extraordinarios, pero somos bastante prescindibles para la Tierra, por nuestro reducido número y en consecuencia reducida importancia ecológica frente a organismos invertebrados, bacterias, hongos, plantas... Pero los humanos sí que ejercemos un papel importante sobre el planeta, y no precisamente natural ni beneficioso, más bien de 'carga', y no tanto por culpa del número sino a consecuencia de, por nuestra forma de crecimiento y desarrollo basada en lo artificial.