Es interesante este tema.
En el trabajo he hecho a veces estudios por mi cuenta con los archivos de rayos diarios desde 1997, y según eso, las zonas más tormentosas de España son, sin lugar a dudas la parte central de los Pirineos y la sierra de Gúdar, en el Sistema Ibérico, con alrededor de 40 días al año.
En general, en el conjunto de la península Ibérica la zona más tormentosa es, con diferencia, el cuadrante nordeste. Por ejemplo, en el Sistema Central es mucho más tormentosa la sierra de Somosierra y Ayllón que la sierra de Gredos.
En cuanto a ciudades, las de mayor número de días de tormenta son San Sebastián, Gerona, Barcelona, Pamplona y Soria, todas con más de 23 o 24 días al año. También destacan Zaragoza, Lérida, Huesca, Tarragona, Teruel y Mahón (Menorca). La zona menos tormentosa son las islas Canarias, y dentro de la península, el sur de la provincia de Murcia y norte de Almería (que también son las zonas más secas).
Saludos.