Pues es porque en modo manual la cámara digamos que divide la escena en muchos cuadridtos, con cada cuadrito se queda con una intensidad de luz que lo afecta, osea que lo oscuro lo interpreta como que hace falta más luz y lo luminoso como que hace falta menos,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,como en tu foto, abundan mucho más las zonas medias y oscuras, la cámara interpreta que hay que sobrexponer la foto para que salga mejor, y es por esto por lo que quema las zonas más luminosas no dejando ver esa nube.
Conclusión: Cuanto antes aprendas a tirar fotos en manual, (no va por ti porque sé que ya sabes, sino en plan genérico), antes te saldrán buenas fotos.