http://www.eitb.com/es/videos/detalle/557686/asi-conviven-nieve-pueblos-altos-pais-vasco/No me deja verlo, no sé a vosotros. Según esto oficialmente los pueblos más altos son:
Álava: Onraita, 962m (Situado en los montes de Iturrieta)
Bizkaia: Ubide, 575m (Junto a Otxandio)
Gipuzkoa: Bidegoian, 485m (Cerca de Tolosa)
Para el seguimiento de estos pueblos, hablando de estaciones, tendriamos:
Onraita: Estaciones de Euskalmet de Roitegui e Iturrieta que están ambas a un par de kms. De la de Roitegui recuerdo haber oido a algún forero que no es la mejor representación del pueblo puesto que está en algún pequeño alto a unos 30 metros por encima del pueblo, por lo que la mínimas son más altas.
Ubide: Estación de Euskalmet de Otxandio.
Bidegoian: Estación de Euskalmet de Bidania. Este pueblo está alado aunque la estación está a 572m, supongo que estará en algún alto en Bidania.
En resumen, si buscamos altitud, oficialmente estos son los más altos, por lo que descartamos casos como Otzaurte o Pagomakurre.