Es por convección y por radiación, la radiación es fundamental, sobre todo en condiciones estables, los anticiclones, de ahí las heladas y inversiones por irradiación. Ahí está la estratosfera, que no es mas que una capa mas cálida que las circundantes debido a la absorción de onda corta por el Ozono.
El aumento de CO2 hace que entre mas energía de la que sale en la troposfera, una cantidad de energía que las capas superiores no pueden disipar ni por asomo, por el poco transporte que hay entre ellas y por la baja densidad y capacidad calorífica que tienen. La convección hace que el CO2 se mezcle y así que su concentración sea bastante homogénea, por eso el calentamiento es bastante global y homogéneo, con mas incidencia en tierra donde hay menos inercia térmica que en el mar, tal y como se observa.
Los modelos ven incluso el enfriamiento de la estratosfera como algo coherente con el calentamiento de la troposfera. Y tienen en cuenta al menos la baja estratosfera y el transporte entre la troposfera y esta, a pesar de que es pequeño en términos relativos.
La turbulencia y la conveccion en la troposfera se han estudiado y se estudian en detalle, y se incluyen en los modelos, de manera imperfecta claro. Pero no estamos hablando de nada "no contemplado", ni mucho menos.