Yo viví ocho años en Madrid (86-94) y ahora llevo diez años en Donosti y creo que tengo bastante claras las diferencias, que son muchas. Los dos climas no se parecen prácticamente en nada.
De noche está claro que en invierno hace más frío en Madrid, tres o cuatro grados por debajo es normal. En Madrid hiela mucho más fácil que en SS, que hiela muy poco.
De día las temperaturas de las dos ciudades son bastante parecidas, es más, las medias de máximas no se separan ni un grado. De hecho, yo creo que prácticamente la mitad de los días de invierno la temp al mediodía es más baja en SS que en M, y la otra mitad al revés.
Las temperaturas en Madrid son muy estables, se suceden muchos días seguidos con min y max casi clavadas, mientras que en SS varían muchísimo de un día a otro. De modo que en Madrid lo normal es tener 10-12 grados al mediodía y en SS muchos días no llega a 10 y muchos otros, con viento sur pasa fácilmente de 15.
Y otra diferencia, en Madrid puede caer una helada de -2 o -3 grados, pero para las 10 de la mañana, con un buen solete ya están en 4 o 5 grados y para las 12 llegar tranquilamente a 10 grados. Al sol en Madrid siempre se está bien. El que no madrugue no se entera del frío. En SS a la temperatura le cuesta subir más.
Yo a la humedad no le daría una importancia excesiva. Sin embargo, sí al viento que es más fuerte en SS. Los días más desapacibles en SS son precisamente los de temporal del norte, muy lluviosos y con fuerte viento y con temp casi constante a 4-7 grados. No se puede llamar frío, es simplemente tiempo desagradable.