Sí, el vapor de agua tiene un efecto invernadero mayor que los otros gases invernadero. Esto sí lo tienen en cuenta los modelos cuando calculan la subida de temperaturas (en realidad, el forzamiento provocado por la duplicación del CO2, allá por el año 2100 ... sólo da teóricamente por ese factor una subida de temperatura de 1,2ºC).
Se calcula que el impacto del vapor de agua es el 60 % del efecto invernadero que se produce en una atmósfera con cielo despejado. Por eso, el feedback provocado por el incremento del vapor de agua tendrá un efecto radiativo superior al del conjunto de todos los otros gases invernadero (Karl R. & K. Trenberth, 2003, Modern Global Climate Change, Science, 302, 1719-1723).
Creo que otra de las mayores incógnitas de los modelos climáticos es la variación de humedad en los diferentes niveles de la atmósfera. Acertar con esta variable es importante, porque se sabe que el papel del vapor de agua en el cambio climático —y especialmente en los flujos radiativos—, depende, no sólo de su concentración integral en la columna de aire, sino también de su distribución vertical (Hu H., 2000, The relationship between atmospheric water vapor and temperature in simulations of climate change, Geophysical Research Letters, 27, 3513-3516).
Los modelos, debido a su baja resolución entre otras cosas, calculan muy mal (o no calculan en absoluto) la formación de nubes y de precipitaciones, que roban vapor al aire, y por lo tanto no pueden calcular cuál será el cambio del vapor de agua según alturas y regiones geográficas.